一九五八年に院内に開設された「慈圭精神医学研究所」は、入院患者らから死後、提供を受けた約六百人の脳を解剖、標本にして保存。精神科では貴重な脳病理の研究施設となっている。

　スタッフの池田研二医師は東京都精神医学総合研究所にいた時、帝銀事件（四八年）の故平沢貞通元死刑囚の脳を解剖、狂犬病ワクチンの副作用で神経細胞が 壊死 （ えし ） した痕跡を見つけた。虚言などで自白の信ぴょう性が疑われていただけに、研究は話題を呼んだ。

　うつ病と診断されていた患者が他の代謝疾患だったケースなど、臨床で分からなかった病気が判明することもある。石津秀樹研究部長は「正確な診断は治療の第一歩。研究を臨床にフィードバックする積み重ねが大切」と話している。